Здравствуйте. Никаких изменений нет. Срок действия миграционной карты - 90 дней. Тут дело все в том, что Ваш сотрудник покупает регистрацию у посредников. Скорее всего он у Вас киргиз или казах. Гражданам ЕАЭС посредники регистрации делают сразу на 9 месяцев. У них в услугу входит оформление трудового договора и продление сразу на 9 месяцев.

Тут другое дело в том, что в его договоре, как и в Вашем, сказано, что место работы является основным... И если вдруг в эту сторону кто-то копнет, то может вылезти что-нибудь неприятно. Но, думаю, для вас тут дорогостоящих рисков нет. Если только от трудовой инспекции что-то прилетит, но это надо очень глубоко копать...